Synopsis: I projektet undersøges effekten af forøget inkubering med proteinase K i forbindelse med oprensning af RNA fra tumorvæv, der er fikseret i formalin og indstøbt i paraffin (FFPE-væv). Forskellige modifikationer af proteinase K inkuberingstrinnet for to kommercielle oprensningskits (Qiagen RNeasy FFPE Kit og MasterPure RNA Purification Kit) undersøges med NanoDrop, Agilent Bioanalyzer, real-time kvantitativ PCR og med DNA-chip. Det fandtes, at forøget proteinase K inkubering resulterer i højere kvalitet af RNA. Yderligere fandtes Qiagens RNeasy FFPE Kit bedre til oprensning af FFPE-væv og at det er nødvendigt at udføre yderligere DNase I-behandling af det oprensede RNA. For at undersøge en metode til kvalitets-baseret udvælgelse af tumorvæv, der er af tilstrækkelig høj kvalitet til genekspressions-analyse på DNA-chip, er et 3’/5’-forhold beregnet ved brug af kvantitativ PCR med GAPDH som endogen kontrol. Analyse af fem tilfældige FFPE-prøver viste et meget meget lavt antal RNA-fragmenter, der er længere end 800 nukleotider i RNA-oprensningen og at i gennemsnit ét ud af 100 RNA-fragmenter er 300 eller flere nukleotider lange.