Identificering af kemiske biomarkører til detektering af kolorektal kræft ved hjælp af eksisterende data: Et projekt om anvendelse af et dimensionelt datavarehus i sundhedssektoren
Oversat titel
Identification of chemical biomarkers for detection of colorectal cancer using existing data: A project about the use of a dimensional data warehouse in healthcare
Forfattere
Nielsen, Julian Birkemose ; Boysen, Mathias Abitz
Semester
4. semester
Uddannelse
Udgivelsesår
2013
Afleveret
2013-06-04
Antal sider
110
Abstract
Hvert år får cirka 4.500 mennesker i Danmark konstateret kolorektal kræft (KRC). Den 5‑årige overlevelse er omkring 50 %, især fordi sygdommen ofte opdages sent. Derfor blev der i 2014 indført et nationalt screeningsprogram. De nuværende metoder bliver dog kritiseret, og der er stor interesse for at finde kemiske biomarkører i blodet, som kan opdage KRC tidligere. Indtil nu er der ikke identificeret brugbare biomarkører. I dette projekt blev Region Nordjyllands datavarehus med laboratorie- og patientdata brugt til at lede efter potentielle biomarkører via mønstergenkendelse. Vi undersøgte 15 typer biokemiske analyser og så både på niveauer og ændringer over tid (lineær regression, middelværdi og standardafvigelse) i perioden før diagnosen. Med statistiske klassifikationsmetoder (lineær og kvadratisk diskriminant analyse) forsøgte vi at skelne 125 patienter med KRC fra 6.149 patienter uden kræft. For at gøre værdier fra forskellige laboratorier sammenlignelige blev data normaliseret. Den bedst præsterende simple model var en tredimensionel kvadratisk klassifikator baseret på tre almindelige blodparametre: udviklingen over tid i P‑Albumin (plasma‑albumin), gennemsnittet af B‑Thrombocytter (blodplader) og P‑Bilirubiner (plasma‑bilirubin). Modellen havde en sensitivitet på 92,0 % (andel af syge, der opdages) og en specificitet på 79,5 % (andel af raske, der frasorteres korrekt). Analysen er retrospektiv, og ufuldstændige samt skævt fordelte data i datavarehuset er væsentlige begrænsninger, fordi de reducerer antallet af anvendelige prøver og kan påvirke resultaterne. På trods af dette havde modellen højere sensitivitet, men lavere specificitet end fækal okkult blodtest (FOBT). Det tyder på, at metoden potentielt kan finde en større andel af patienter med KRC end FOBT. Samlet set peger resultaterne på mulige kemiske biomarkører for KRC i rutinemæssige blodprøver.
About 4,500 people in Denmark are diagnosed with colorectal cancer (CRC) each year. The 5‑year survival rate is around 50%, largely because the disease is often found late. A national screening program was introduced in 2014, but current methods have been criticized, and there is strong interest in blood‑based chemical biomarkers that could enable earlier detection. To date, no usable biomarkers have been identified. This project used the North Denmark Region’s data warehouse of laboratory and administrative patient data to search for potential biomarkers using pattern recognition. We examined 15 types of biochemical tests and looked at both levels and how they changed over time (linear regression, mean, and standard deviation) in the period before diagnosis. Statistical classification methods (linear and quadratic discriminant analysis) were applied to distinguish 125 patients with CRC from 6,149 patients without cancer. To make results comparable across different laboratories, data were normalized. The best‑performing simple model was a three‑dimensional quadratic classifier based on three common blood measures: the time trend in plasma albumin (P‑albumin), the average blood platelet count (B‑thrombocytes), and plasma bilirubin (P‑bilirubin). The model achieved a sensitivity of 92.0% (the share of patients with cancer correctly detected) and a specificity of 79.5% (the share of people without cancer correctly ruled out). The analysis is retrospective, and incomplete and unevenly distributed data in the data warehouse are important limitations because they reduce the number of usable samples and may bias the results. Despite this, the model showed higher sensitivity but lower specificity than the fecal occult blood test (FOBT), suggesting it could identify a larger proportion of CRC patients. Overall, the findings point to possible chemical biomarkers for CRC in routine blood tests.
[Dette resumé er genereret ved hjælp af AI]
Emneord