Analyse af geners ekspressionsprofil i arkiveret lymfoidt materiale: Undersøgelse af metode til kvalitetsbaseret udvælgelse af tumorvæv, der er fikseret i formalin og indstøbt i paraffin

Abstract

Synopsis: I projektet undersøges effekten af forøget inkubering med proteinase K i forbindelse med oprensning af RNA fra tumorvæv, der er fikseret i formalin og indstøbt i paraffin (FFPE-væv). Forskellige modifikationer af proteinase K inkuberingstrinnet for to kommercielle oprensningskits (Qiagen RNeasy FFPE Kit og MasterPure RNA Purification Kit) undersøges med NanoDrop, Agilent Bioanalyzer, real-time kvantitativ PCR og med DNA-chip. Det fandtes, at forøget proteinase K inkubering resulterer i højere kvalitet af RNA. Yderligere fandtes Qiagens RNeasy FFPE Kit bedre til oprensning af FFPE-væv og at det er nødvendigt at udføre yderligere DNase I-behandling af det oprensede RNA. For at undersøge en metode til kvalitets-baseret udvælgelse af tumorvæv, der er af tilstrækkelig høj kvalitet til genekspressions-analyse på DNA-chip, er et 3’/5’-forhold beregnet ved brug af kvantitativ PCR med GAPDH som endogen kontrol. Analyse af fem tilfældige FFPE-prøver viste et meget meget lavt antal RNA-fragmenter, der er længere end 800 nukleotider i RNA-oprensningen og at i gennemsnit ét ud af 100 RNA-fragmenter er 300 eller flere nukleotider lange.

Abstract: The aim for this project is to establish a fast reliable method for quality based selection of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor tissue and to determine if the quality of the chosen tissue can be used for global gene expression including DNA micro array. Prior to this six forms of RNA purification methods has been compared to test whether different purification methods would lead to different results. It has been reported by others that increased protein degradation with the enzyme Proteinase K can result in higher RNA concentration as well as superior quality of the purified RNA. In this rapport two kits has been used to examine this hypothesis; MasterPure RNA Purification Kit and Qiagen RNeasy FFPE Kit. It was found that increased protein degradation with Proteinase K (20 hours) does result in higher RNA concentration and quality and also that the Qiagen RNeasy FFPE Kit results in better quality of the purified RNA. In order to examine the possibilities for quality based selection of FFPE tumor tissue the purified samples has been run on the Agilent Bioanalyzer, examined with real-time Q-PCR and finally an attempt has been made to establish the RNA quality of particular samples using a specific PCR assay with Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) as endogen control and custom-made primers.

Kolofon: Denne side er en del af AAU Studenterprojekter — Aalborg Universitets studenterprojektportal. Her kan du finde og downloade offentligt tilgængelige kandidatspecialer og masterprojekter fra hele universitetet fra 2008 og frem. Studenterprojekter fra før 2008 kan findes i trykt form på Aalborg Universitetsbibliotek.

Har du spørgsmål til AAU Studenterprojekter eller Aalborg Universitets forskningsregistrering, formidling og analyse, er du altid velkommen til at kontakte VBN-teamet. Du kan også læse mere i AAU Studenterprojekter FAQ.

A professional bachelor project report from Aalborg University

Analyse af geners ekspressionsprofil i arkiveret lymfoidt materiale: Undersøgelse af metode til kvalitetsbaseret udvælgelse af tumorvæv, der er fikseret i formalin og indstøbt i paraffin

[Gene expression profiling on archived lymphoma material: Establishment of a reliable method for quality based selection of formalin fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor tissue]