Forskning i menneske embryoniske stamceller er et hastigt udviklende område med et stort potentiale. Embryoniske stamceller kan ubegrænset reproducere sig selv, og de er i stand til at danne hele mangfoldighed af celler i en voksen krop. Væksten af disse celler in vitro kræver en høj grad af kontrol og kultur systemerne bliver konstant forbedret. Stamceller adskiller sig fra andre celler i mange henseender, og tilstedeværelsen af DNA basen 5-hydroxymethylcytosin blev for nylig fundet; en DNA-base, der i mammale celler næsten kun findes i embryoniske stamceller.
Indolicidin er et antimikrobielt peptid med en unik DNA-interagerende egenskab, der kan inhibere DNAsyntese i bakterier. Virkningen af binding til mammal DNA er endnu ikke er blevet tilstrækkeligt undersøgt, og muligheden for en interaktion med 5-hydroxymethylcytosin i embryoniske stamceller var den indledende ide til dette projekt.

Virkningen af indolicidin, analogen indolicidin-4 og det nye peptid IL4-RWT blev testet på de embryoniske stamcelle linjer RH1 og T8. Cellerne blev groet i et kultur system af Matrigel og mTESR 1. Cytotoksiske koncentrationer blev bestemt, og IL4-RWT, der indeholder fluorophoren rhodamin WT, blev anvendt til at teste cellulær optagelse af peptidet. Flowcytometri viste en langsom lineær optagelse, hvilket indikerer en endocytose relateret pathway og dette blev bekræftet med fluorescens konfokal laserscanningsmikroskopi, der vidste inklusionslegemer.

Virkningen af IL4 på pluripotensen af RH1 celler blev først testet ved anvendelse af et kort assay. Morfologien af cellerne blev overvåget, og udtrykningen af pluripotens transkriptionsfaktorer Oct-4 og Nanog blev bestemt ved anvendelse af real-tids revers transkriptase PCR. Ingen betydelig virkning blev observeret, og en længere analyse af T8 celler blev udført med IL og IL4. En klar positiv effekt blev observeret for IL4, men en karyotype test afslørede en mosaik, der gjorde resultaterne ubrugelige.

DNA blev isoleret fra de voksne HDF celler og fra RH1 celler. DNA’et blev fragmenteret med ultralydbehandling eller med restriction enzymer og scannet med AFM. Ultralydbehandlingen producerede DNA med den ønskede størrelse uden behov for ekstra oprensningstrin som med enzymatisk nedbrydning, og denne fremgangsmåde blev anvendt til klargøringen af DNA til test med IL4. Bindingen af IL4 til både HDF og RH1 DNA blev bekræftet, og en hurtig og nem fremgangsmåde til visualisering og analyse af DNA molekyler blev beskrevet.